争议首先在于国旗。开幕式上,美国代表团进场时愤怒地发现他们的“星条旗”竟被当时具有强烈反美情绪的英国人设计成了“星星旗”,他们只好用自带的国旗。通过英王观礼台时,旗手始终高举着美国国旗,而没有按规定下垂国旗表示敬意,英国观众全体哗然。

而俄国代表团的一位芬兰选手认为在帝俄旗帜下入场是一种耻辱,拒绝参加开幕式,组委会手忙脚乱,最后决定进场时两国都使用俄国国旗,如果芬兰人得金牌,就在俄国旗帜上加一面小三角旗以示区分。捷克和奥地利的旗帜问题也同样处理。这些纠纷反映的其实是当时殖民地同宗主国之间的矛盾。

还有一些争议源自裁判。由于大部分裁判都来自英国本土,所以出现了不少“爱国裁判”。在拔河比赛中,英国裁判甚至破坏规则,允许本国队伍穿钉鞋。

在1908年7月24日的马拉松比赛中,排在第一的意大利糖果商人多兰多?皮特里在距离体育场还有3公里时,看上去还非常轻松。当时,他以为进入体育场就是终点,而且在快进入体育场时,一些无事生非的人对他说第二名就要追上来了,害他冲得过猛,消耗掉了最后一点体力。结果,在进入体育场后,人们告诉他还有2/3圈的赛程要跑。这最后的一点距离几乎击倒了他,他停下了脚步,似乎马上会倒在地上。不过,他迅速鼓起勇气,直起身来继续前进,但在离终点50米远的地方又一次栽倒在了跑道上。这时,第二名海耶斯已经跑进了体育场,人们都以为皮特里无法完成比赛了,这时候,一名意大利记者的叫喊让他重新爬了起来,晃晃悠悠地过了终点线。一过终点,他就像死人一般倒下了。

皮特斯通过终点的那一刻,在场的10万名观众都为他发疯似的鼓掌欢呼,所有人的眼睛都湿润了。

但是,第二天,皮特里的冠军头衔被剥夺了,因为第二名海耶斯提出了申诉。当时,看到皮特里连续数次倒下,两位裁判在人道主义的精神下帮助他站了起来,其中一名甚至扶着他通过了终点,这让美国选手感到不公。当然,皮特里也感到不公,不过,整座城市安慰了他。7月25日,英国女王亲自捐赠并亲自颁发给他一座安慰性的奖杯,无数英国民众赶来参加颁奖仪式。当天,英国著名作家、创造了福尔摩斯这一形象的阿瑟?柯南?道尔爵士也向他公开致敬。

英国大主教彼得有感于皮特里的事迹,在此后的一次宗教仪式上说出了那句名言:“奥运会重要的不是胜利,而是参与。”这句话深深感动了在场的顾拜旦,他于是将这句话确定为奥林匹克运动的口号之一。